確定申告ソフト複数事業の分離管理、最適解は？主要3社を機能で徹底比較

複数の事業を営む個人事業主の皆様、本業と副業、あるいは複数のプロジェクトの会計データが一つにまとまってしまい、事業ごとの正確な損益が見えづらくなっていませんか？確定申告のたびに、どの経費がどの事業のものか、頭を悩ませることもあるでしょう。

この記事では、複数の事業を効率的かつ正確に管理し、確定申告をスムーズに進めるための会計ソフトの選び方と活用法を、機能とスペックに基づいて徹底的に解説します。

【結論】複数事業の会計管理は「部門機能」を持つソフトが必須
論理的思考①：なぜ会計ソフトで事業データを分離管理する必要があるのか？
複数事業の分離管理を実現する会計ソフトの2大機能スペック
1. 機能1：部門管理機能
2. 機能2：タグ（メモ・付箋）機能
【スペック比較表】主要会計ソフト3社の複数事業管理機能を徹底分析
1. 各社の特徴と評価
【手順解説】事業別の設定方法と共通経費の合理的按分ルール
論理的思考②：事業タイプ別・最適な会計ソフトの選び方
まとめ：最適なソフトの機能を選び、複数事業の確定申告を効率化しよう

【結論】複数事業の会計管理は「部門機能」を持つソフトが必須

個人事業と副業の会計データが混在し、一つのソフトで管理が煩雑になっていると感じる方は少なくありません。しかし、この記事を読めば、複数事業の会計データを論理的に分離管理する方法と、あなたの事業に最適なソフトが明確になります。

結論から申し上げますと、freee、マネーフォワード、弥生などが提供する「部門管理機能」こそが、正確な損益把握と確定申告の鍵となります。 これらの機能は、事業ごとの収益性や費用を明確にし、経営判断の精度を飛躍的に向上させるでしょう。

本記事では、主要会計ソフトの機能を徹底比較し、あなたの事業規模や管理レベルに合致する、合理的なソフト選びをサポートします。

論理的思考①：なぜ会計ソフトで事業データを分離管理する必要があるのか？

複数の事業を営む個人事業主にとって、会計データの分離管理は単なる手間ではありません。むしろ、事業を成長させ、税務上のリスクを回避するための不可欠なプロセスです。その目的は以下の4点に集約されます。

目的1：事業ごとの正確な損益把握（経営判断の精度向上）
どの事業が利益を生み、どの事業がコストを圧迫しているのかを明確にすることで、限られたリソースを最適に配分し、撤退・拡大・改善といった重要な経営判断をデータに基づいて下すことができます。全体としての損益だけでは、個々の事業の真の姿は見えません。
目的2：青色申告決算書への正確な記入（税務上の要請）
青色申告決算書には、事業所得の内訳を詳細に記載する欄はありませんが、税務調査などにおいて、事業ごとの収益・費用を説明する義務が生じる場合があります。日頃から事業別にデータを整理しておくことで、迅速かつ正確な説明が可能となり、税務上の信頼性を確保できます。
目的3：事業ごとの将来性の分析（事業ポートフォリオの最適化）
各事業の成長性、収益性、リスクを個別に分析することで、将来的な事業ポートフォリオを最適化できます。例えば、成長が見込める事業に追加投資したり、収益性が低い事業の改善策を検討したりする際の強力な根拠となります。
目的4：融資や補助金申請時の明確な事業説明（対外的な信頼性確保）
金融機関からの融資や、国・地方自治体の補助金・助成金を申請する際、事業計画書とともに、各事業の財務状況を明確に提示できることは非常に有利に働きます。事業ごとの損益計算書を提示することで、事業の健全性や将来性を客観的に示すことができ、対外的な信頼性を高めます。

これらの目的を達成するためには、会計ソフトの機能を最大限に活用し、事業データを論理的に分離管理することが不可欠なのです。

複数事業の分離管理を実現する会計ソフトの2大機能スペック

会計ソフトで複数事業のデータを分離管理するために、主に2つの機能が活用されます。それぞれの機能の特性を理解し、自身の事業に最適な方法を選択することが重要です。

機能1：部門管理機能

部門管理機能は、会計ソフト内で事業単位やプロジェクト単位で「部門」を設定し、各取引を特定の部門に紐付けて入力する機能です。これにより、部門ごとの損益計算書（P/L）を公式に作成することが可能となります。

メリット:
- 厳密な損益把握: 各事業の収益、費用、利益を正確に把握でき、経営分析の精度が格段に向上します。
- 税務上の信頼性: 部門ごとのP/Lを出力できるため、税務署への説明資料としても活用でき、税務上の信頼性が高まります。
- 経営判断の根拠: 事業ごとの成績が明確になるため、投資判断や事業の取捨選択などの重要な経営判断をデータに基づいて行えます。
デメリット:
- 上位プランが必要な場合が多い: 多くの会計ソフトで、部門管理機能は上位の料金プランで提供されるため、コストが高くなる傾向があります。
- 入力の手間: 取引ごとに部門を選択する手間が増えます。

機能2：タグ（メモ・付箋）機能

タグ機能は、取引ごとに任意のキーワード（タグ）を付与できる機能です。部門管理機能ほど厳密ではありませんが、簡易的な集計や分析に役立ちます。

メリット:
- 手軽に始められる: 多くのプランで利用でき、設定も簡単です。
- 柔軟な分類: 部門設定に比べて、より細かく、柔軟な分類が可能です（例：事業Aの特定プロジェクト、事業Bの広告費など）。
- 簡易的な分析: タグ別に収益や費用を集計することで、大まかな事業ごとの状況を把握できます。
デメリット:
- 公式なP/Lは作成できない: タグで集計したデータは、あくまで補助的なものであり、部門管理のように公式な部門別P/Lとして出力することはできません。
- 集計の手間: タグによる集計は、手動でのデータ出力や加工が必要になる場合があります。

結論として、複数事業の会計管理においては、「部門管理機能」が本流であり、厳密な損益把握と税務上の信頼性を求めるならば必須の機能です。タグ機能は、部門管理の補完的な役割として、あるいは事業規模が小さく、まずは大まかに分けたい場合の第一歩として活用を検討するのが合理的です。

【スペック比較表】主要会計ソフト3社の複数事業管理機能を徹底分析

ここでは、主要なクラウド会計ソフトである「freee会計」「マネーフォワードクラウド会計」「やよいの青色申告オンライン」の3社について、複数事業管理に関連する機能を徹底比較します。

【重要】以下の情報は一般的な傾向を示すものであり、料金プランや機能の詳細は変更される可能性があります。必ず各社の公式サイトで最新情報をご確認ください。

比較項目	freee会計	マネーフォワードクラウド会計	やよいの青色申告オンライン
部門管理機能の有無	あり（上位プランで利用可能）	あり（ビジネスプラン以上で利用可能）	あり（ベーシックプラン以上で利用可能）
部門別P/L作成	可（上位プラン）	可	可
部門別B/S作成	不可（全社統合が基本）	可（エンタープライズプラン）	不可（デスクトップ版では可の場合あり）
タグ機能	強力（取引に複数タグ付与、レポート作成可）	あり（補助的なメモ・タグとして利用）	なし（メモ機能など）
利用可能な料金プラン	スタンダード、プロフェッショナル	ビジネス、エンタープライズ	ベーシック、トータル
月額料金（年間契約時目安）	2,680円～（スタンダード） 4,780円～（プロフェッショナル）	3,980円～（ビジネス） 9,800円～（エンタープライズ）	1,650円～（ベーシック） 2,640円～（トータル）
特徴	タグ機能が非常に強力で柔軟な集計が可能。UIが直感的。	部門管理機能が充実しており、厳密な部門別会計に適する。	伝統的な会計に強く、安価なプランでも部門管理が可能。

各社の特徴と評価

マネーフォワードクラウド会計:
- 強み: 部門管理機能が非常に充実しており、ビジネスプラン以上であれば部門別P/Lだけでなく、エンタープライズプランでは部門別B/Sまで作成可能です。複数の事業を厳密に管理し、詳細な経営分析を行いたい場合に最も合理的な選択肢となります。
freee会計:
- 強み: タグ機能が非常に強力で、取引に複数のタグを付与し、柔軟な切り口で集計・分析が可能です。部門管理機能も上位プランで利用でき、UIの使いやすさも特徴です。タグと部門を組み合わせて、より多角的な分析を行いたい場合に適しています。
やよいの青色申告オンライン:
- 強み: 比較的安価なプランから部門管理機能が利用できる点が魅力です。伝統的な会計処理に強く、シンプルながらも必要な機能を備えています。コストを抑えつつ、基本的な部門管理を行いたい場合に有力な選択肢となるでしょう。

これらの情報を参考に、あなたの事業の規模、管理レベルの要求度、予算に応じて、最適なソフトとプランを検討してください。

【手順解説】事業別の設定方法と共通経費の合理的按分ルール

会計ソフトで複数事業のデータを分離管理する具体的な手順と、複数の事業で共有する経費（共通経費）をどのように按分すべきかについて解説します。

ステップ1：会計ソフトで「部門」を登録する

まず、利用する会計ソフト内で、管理したい事業ごとに「部門」を登録します。
例:
* 部門1: A事業（本業のコンサルティング）
* 部門2: B事業（副業のWeb制作）
* 部門3: C事業（不動産賃貸）

登録方法は各ソフトによって異なりますが、設定画面から部門やプロジェクト名を追加する形が一般的です。

ステップ2：日々の取引入力時に、必ず対応する「部門」を選択する

これが最も重要なステップです。売上や仕入れ、経費など、日々の取引を入力する際に、それがどの事業に紐づくものかを明確にし、必ず対応する「部門」を選択して登録します。

例1: A事業の売上入金 → 「A事業」部門を選択
例2: B事業の広告宣伝費 → 「B事業」部門を選択

これにより、各取引が自動的にそれぞれの事業のデータとして集計されていきます。

ステップ3：事務所家賃や通信費など、事業共通の経費の按分基準を決定する

複数の事業で共用している経費（例：自宅兼事務所の家賃、共用しているインターネット通信費、PCの減価償却費など）は、それぞれの事業に合理的に按分する必要があります。この「合理的」という点が重要で、税務署に説明できる客観的な基準を設定することが求められます。

主な按分基準の例:

売上高比: 各事業の売上高の割合に応じて按分。
作業時間比: 各事業に費やした時間の割合に応じて按分。
使用面積比: 自宅兼事務所の場合、各事業で使用する面積の割合に応じて按分。
従業員数比: 各事業に従事する従業員の割合に応じて按分（法人向けだが個人事業主でも参考にできる場合あり）。

これらの基準の中から、あなたの事業の実態に最も即したものを選択し、記録しておきましょう。

ステップ4：期末に共通経費を決定した基準で各部門に振り分ける仕訳を行う

期中に共通経費を「共通費」などの仮の勘定科目や部門で入力しておき、期末（または月末）に決定した按分基準に基づいて、各事業の部門に振り替える仕訳を行います。

具体的な仕訳例（自宅兼事務所の家賃10万円をA事業50%、B事業30%、プライベート20%で按分する場合）：

家賃支払い時（共通費として計上）:
（借方）地代家賃（共通費部門） 100,000円／（貸方）普通預金 100,000円
- ※この時点ではまだ部門に振り分けず、仮の「共通費部門」などに計上します。
期末に按分仕訳:
- A事業分 (50%): 100,000円 × 0.5 = 50,000円
- B事業分 (30%): 100,000円 × 0.3 = 30,000円
- プライベート分 (20%): 100,000円 × 0.2 = 20,000円
（借方）地代家賃（A事業部門） 50,000円
（借方）地代家賃（B事業部門） 30,000円
（借方）事業主貸 20,000円／（貸方）地代家賃（共通費部門） 100,000円

この仕訳を行うことで、各事業の部門別P/Lに、按分された家賃が正確に計上されることになります。按分基準とその根拠は、いつでも説明できるように記録を残しておくことが重要です。

論理的思考②：事業タイプ別・最適な会計ソフトの選び方

あなたの事業のタイプや、求める管理レベルによって、最適な会計ソフトの選択肢は異なります。ここでは、具体的なケースを想定し、それぞれに合理的なソフト選びを導き出します。

ケース1：「事業ごとの損益を厳密に管理し、経営分析したい」

目的: 各事業の収益性、費用構造、利益率を詳細に分析し、経営戦略に活かしたい。
最適な選択肢: マネーフォワードクラウド会計の「ビジネスプラン」以上、またはやよいの青色申告オンラインの「ベーシックプラン」以上が合理的選択です。これらのソフトは部門管理機能が充実しており、部門別P/Lを正確に出力できます。特にマネーフォワードは、部門別B/Sまで対応する上位プランもあり、より厳密な管理が可能です。

ケース2：「所得の種類が異なる（事業所得＋不動産所得など）」

目的: 確定申告書Bの作成まで考慮し、異なる所得種類の管理も一元化したい。
最適な選択肢: 確定申告書Bの作成までスムーズに行えるよう、より詳細な設定が可能なソフトが有利です。freee会計やマネーフォワードクラウド会計は、事業所得以外の不動産所得などの入力にも対応しており、確定申告書作成機能も充実しています。各所得の種類に応じて部門を分けるなど、柔軟な運用が可能です。

ケース3：「取引数が少なく、まずは大まかに分けたい」

目的: 現時点では厳密な部門管理は不要だが、将来的に事業拡大を見据えて、まずは簡易的に事業ごとの状況を把握したい。
最適な選択肢: freee会計の「タグ機能」を活用して始めるのが戦略的です。freeeのタグ機能は非常に強力で、取引に複数のタグを付与することで、事業ごとの簡易的な集計が可能です。事業規模が拡大し、より厳密な管理が必要になった際に、上位プランに切り替えて部門管理機能を利用することを検討すれば、初期コストを抑えつつ柔軟に対応できます。

あなたの事業規模、管理レベルの要求度、そして予算を総合的に考慮し、上記の論理的思考に基づいて、どのソフトのどのプランが最適解かを導き出しましょう。