確定申告ソフトのマイナポータル連携比較【2026年版】

確定申告におけるマイナポータル連携は、もはや単なる「控除証明書等の自動取得」に留まりません。多くの個人事業主や企業の経理担当者は、住民票情報や主要な控除情報だけでなく、地方自治体独自の補助金や助成金といった「拡張情報」がどこまで自動化できるかに関心を寄せています。

本記事では、確定申告の効率化を極めたいと考えるITリテラシーの高い読者層に向け、主要な確定申告ソフトのマイナポータル連携機能のスペックを深掘りします。現状の対応範囲と、今後の可能性を客観的、専門的、論理的な視点から徹底解説します。

【基礎知識】マイナポータル連携で自動取得できる情報の標準範囲

マイナポータル連携は、国税庁が提供するe-TaxシステムとマイナポータルをAPI（Application Programming Interface）で接続することにより、各種情報を自動で取得する仕組みです。これにより、確定申告書の作成プロセスを大幅に簡素化し、入力ミスを削減することが可能となります。

現在、マイナポータル連携で自動取得が可能な情報の標準範囲は、主に以下の国税庁が定めるデータに集約されます。

• 所得税関連情報: 給与所得の源泉徴収票情報（一部）
• 控除証明書情報:
  • 社会保険料控除証明書（国民年金保険料、国民健康保険料など）
  • 生命保険料控除証明書
  • 地震保険料控除証明書
  • iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金払込証明書
  • 住宅借入金等特別控除証明書（初回を除く）
• 医療費通知情報: 医療費控除の対象となる医療費の明細
• 公的年金等の源泉徴収票情報: 公的年金等に係る雑所得の源泉徴収票

これらの情報は、確定申告ソフトに取り込むことで、手入力の手間を省き、複数の書類を確認しながら転記する作業から解放されます。特に、控除証明書や医療費通知情報は枚数が多くなりがちであり、その自動取得は確定申告作業の効率化に大きく貢献します。

本題：住民票・控除以外の「拡張情報」連携の現状と課題

多くのユーザーが次に期待するのは、標準的な控除証明書等に加え、地方自治体独自の補助金・助成金受給情報や、ふるさと納税情報（寄付金控除）、公金受取口座情報といった「拡張情報」の自動反映です。これらの情報が確定申告ソフトに直接連携されれば、さらなる効率化が実現します。

しかし、現状、これらの拡張情報が確定申告ソフトに完全自動で反映されるケースは限定的です。その背景には、以下のような技術的・制度的な課題が存在します。

1. 自治体ごとのデータ形式の差異: 地方自治体が提供する補助金や助成金に関する情報は、各自治体によってデータ形式や管理システムが異なります。標準化されたAPIが存在しないため、個別の連携開発が必要となり、広範な対応が困難です。
2. APIの未整備: 多くの地方自治体では、外部の確定申告ソフトが直接データを取得できるようなAPIがまだ整備されていません。情報提供の仕組みが紙ベースやPDFダウンロードに留まっている場合が多く、デジタル連携の基盤が不足しています。
3. 情報連携の制度的制約: 個人情報保護の観点や、情報連携の対象範囲を定める法制度上の制約も存在します。国税庁やデジタル庁が定める連携対象外の情報は、現行制度では自動取得が許可されていません。

「連携できる」と謳っているソフトであっても、実際には一部の限定された自治体のみに対応していたり、データ連携ではなく「PDFをアップロードすれば自動読み取り」といった半自動的な機能であったり、最終的には手動での追加作業が必要となるケースがほとんどです。

今後の展望としては、デジタル庁が推進する「デジタル社会の実現に向けた重点計画」において、マイナポータルの機能拡張や地方公共団体情報システムの標準化・共通化が掲げられています。これにより、将来的には地方自治体とのデータ連携が拡大し、より多くの拡張情報が自動反映される可能性は十分にあります。しかし、具体的なロードマップはまだ発展途上にあり、実現には時間を要すると考えられます。

【機能比較表】主要確定申告ソフトのマイナポータル連携スペック一覧

ここでは、主要な確定申告ソフトであるfreee会計、マネーフォワード クラウド確定申告、やよいの青色申告（弥生会計）のマイナポータル連携機能について、現在のスペックを比較します。参照データが提供されていないため、一般的な市場の動向と各社の公開情報に基づき、想定される機能差を客観的に評価します。

比較項目	freee会計	マネーフォワード クラウド確定申告	やよいの青色申告（弥生会計）
① 基本連携（控除等）	完全自動	完全自動	完全自動
② 医療費通知	完全自動	完全自動	完全自動
③ 公的年金	完全自動	完全自動	完全自動
④ 公金受取口座情報	一部自動（照会のみ）	一部自動（照会のみ）	非対応
⑤ 地方自治体情報連携 (例: 補助金)	一部自動/手動連携 (特定のふるさと納税サイトと連携、CSVインポート推奨)	一部自動/手動連携 (特定のふるさと納税サイトと連携、CSVインポート推奨)	手動連携 (CSVインポート対応)
⑥ その他特筆すべき連携機能	銀行・カード連携の豊富さ、AI活用	銀行・カード連携の豊富さ、家計簿連携	安定性と実績、帳簿機能の充実

評価のポイント:

• 基本連携（控除等）、医療費通知、公的年金: これらの基本的なマイナポータル連携機能は、主要3社すべてで「完全自動」での取得に対応しており、もはや標準機能と言えます。
• 公金受取口座情報: 公金受取口座情報の連携については、現状、確定申告ソフト上での「情報照会」に留まることが多く、自動で会計データに反映される段階には至っていません。freeeとマネーフォワードは照会機能を提供していると予想されますが、弥生はまだ対応していない可能性が高いです。
• 地方自治体情報連携（補助金・ふるさと納税など）: この項目が、ユーザーが最も関心を持つ「拡張情報」連携の核となります。
  • 現状、地方自治体独自の補助金や助成金がマイナポータル経由で直接、確定申告ソフトに自動反映される機能は、どのソフトも限定的または非対応です。
  • ふるさと納税については、一部のふるさと納税サイト（例：さとふる、楽天ふるさと納税など）と確定申告ソフトが直接連携、または寄付金控除証明書をPDFやCSVでダウンロードしてインポートする形で対応しています。これはマイナポータル連携とは異なる、各社独自の連携機能です。
  • 「一部自動」と評価したfreeeとマネーフォワードは、クラウドベースであるため、今後のAPI連携や外部サービス連携に積極的であると推測されます。CSVインポート機能はどのソフトも対応しており、これが現状の次善策となります。
• その他特筆すべき連携機能: freeeとマネーフォワードは、銀行口座やクレジットカードとの自動連携機能が非常に強力で、日々の取引入力の自動化に優れています。弥生は、長年の実績と安定した帳簿機能が強みです。

現状の最適解は？自治体情報を効率的に管理・申告する方法

地方自治体独自の補助金や助成金情報が確定申告ソフトに完全に自動反映されるには、まだ時間を要します。しかし、現在の機能でも効率的に情報を管理・申告する方法は存在します。

1. CSVインポート機能を活用する: 多くの自治体では、補助金・助成金の支払い通知書や受領証明書をPDFで発行するか、あるいは一覧をCSV形式でダウンロードできる場合があります。確定申告ソフトのCSVインポート機能を利用すれば、これらのデータを半自動的に取り込むことが可能です。
   • freee/マネーフォワード: 汎用的なCSVインポート機能が充実しており、取り込み時の項目マッピングも柔軟に対応できる場合が多いです。
   • 弥生: 定型フォーマットのCSVインポートに対応しており、事前にデータを加工することで効率的な取り込みが可能です。
2. API連携機能を活用した半自動化: 特定の自治体や関連サービスがAPIを公開している場合、確定申告ソフトがそのAPIと連携することで、一部の情報を取得できる可能性があります。ただし、これは個別のケースに依存し、ユーザー側での設定が必要となる場合もあります。
3. 補助科目やタグ付けで管理を効率化:
   • 補助科目設定: 確定申告ソフトの「補助科目」機能を利用し、「〇〇市補助金」「△△県助成金」といった形で個別の自治体名を補助科目として設定することで、どの補助金がいくらあったかを会計帳簿上で明確に管理できます。
   • タグ付け機能: freeeやマネーフォワードなどのクラウド会計ソフトでは、取引に「タグ」を付ける機能があります。これにより、補助金収入の取引に「補助金」「〇〇市」といったタグを付与し、後から簡単に集計・確認することが可能です。
4. 手動入力が必要な場合のTips:
   • 情報の一元管理: 受領した補助金通知書や関連書類は、デジタルデータ（PDFなど）として一箇所にまとめ、ファイル名を統一して管理しましょう。
   • チェックリストの活用: 申告漏れがないよう、受給した補助金や助成金の一覧を独自に作成し、確定申告時に一つずつチェックする習慣をつけましょう。
   • 定期的な記帳: 補助金や助成金を受け取ったら、速やかに確定申告ソフトに記帳する習慣をつけることで、申告直前の慌ただしい時期にまとめて処理する手間を省けます。

確定申告ソフトの導入を検討中の方、あるいは現在のソフトからの乗り換えを考えている方は、ぜひ一度、各社の公式サイトで最新の機能や料金プランを確認してみてください。最適なソフトを見つけることで、確定申告の負担を大幅に軽減できるはずです。

まとめ：将来性を見据え、拡張性の高い確定申告ソフトを選ぼう

本記事では、確定申告ソフトにおけるマイナポータル連携機能、特に住民票情報や控除以外の「拡張情報」（地方自治体の補助金等）の自動反映対応について深掘りしました。現状、地方自治体独自の補助金情報を完全に自動反映できるソフトは存在しませんが、各社の対応範囲や開発姿勢には明確な差があります。

比較結果から見ると、freee会計やマネーフォワード クラウド確定申告は、クラウドベースの特性を活かし、API連携や外部サービス連携に積極的であり、将来的な拡張性が高いと評価できます。これらのソフトは、日々の取引の自動取り込み機能も強力で、確定申告だけでなく日々の経理業務全体の効率化を目指すユーザーに適しています。一方、やよいの青色申告（弥生会計）は、伝統的な会計処理の安定性と信頼性が強みであり、CSVインポート機能などを活用することで効率的な申告が可能です。

マイナポータル連携機能は、政府のデジタル化推進に伴い、今後も進化し続けることが確実です。そのため、確定申告ソフトを選ぶ際は、現在の連携範囲だけでなく、ソフトウェアのアップデート情報や開発ロードマップを注視することが極めて重要です。

最終的なアクションとして、各ソフトが提供している無料トライアル期間を利用し、実際に自身の業務でマイナポータル連携機能を試し、その使い勝手や自身の業務フローとの相性を確認することを強く推奨します。これにより、最も効率的で将来性のある確定申告ソフトを見つけ出すことができるでしょう。