ふるさと納税6自治体以上！確定申告の全手順【2025年版】

ふるさと納税で「応援したい自治体が多くて、ついつい寄付先が増えてしまった」という経験はありませんか？実は、寄付先が6自治体以上になった場合、ふるさと納税の税額控除を受けるためには確定申告が必須となります。

「ワンストップ特例制度が使えないなんて、確定申告は面倒そう…」「何から準備すればいいの？」と不安を感じている方も多いでしょう。しかし、正しい手順と知識さえあれば、確定申告は決して難しいものではありません。

本記事では、ふるさと納税で6自治体以上に寄付した会社員・公務員の方向けに、確定申告が必要となる理由から、必要な書類、具体的な手続き手順、よくある疑問と注意点までを網羅的に解説します。この記事を読めば、あなたのふるさと納税が最大限に活用でき、不安なく確定申告を完了できるはずです。

なぜ「6自治体以上」だと確定申告が必要なのか？基本を理解する

ふるさと納税の寄付金控除には、「ワンストップ特例制度」と「確定申告」の2つの方法があります。このうち、ワンストップ特例制度が利用できるのは、特定の条件を満たす場合に限られます。

ワンストップ特例制度の適用条件をおさらい

ワンストップ特例制度は、確定申告が不要な給与所得者等（年収2,000万円以下の会社員など）が、寄付先が5自治体以下の場合に限り利用できる、簡素な控除手続きです。この制度を利用すれば、確定申告の手間なく、住民税から控除を受けることができます。

しかし、以下のいずれかの条件に当てはまる場合、ワンストップ特例制度は利用できず、確定申告が必須となります。

• 1年間の寄付先が6自治体以上の場合
• 確定申告が必要な方（個人事業主、年収2,000万円超の給与所得者、医療費控除や住宅ローン控除など他の控除のために確定申告をする方など）

「自治体数」の正確な数え方

「6自治体以上」という条件で特に注意したいのが、自治体数の数え方です。

同じ自治体に複数回寄付した場合でも、自治体数としては「1カウント」として数えます。例えば、A市に3回、B市に2回、C市に1回寄付した場合、寄付回数は合計6回ですが、自治体数はA・B・Cの「3自治体」となります。このケースであればワンストップ特例制度の利用が可能です。

一方で、A市、B市、C市、D市、E市、F市にそれぞれ1回ずつ寄付した場合、寄付回数も自治体数も「6」となるため、確定申告が必要となります。

確定申告による税額控除の仕組み

確定申告でふるさと納税の寄付金控除を申請すると、所得税からの還付と住民税からの控除という形で税金が安くなります。

• 所得税からの還付: 寄付金額のうち、所得税の控除対象となる部分が、翌年（確定申告の年）の所得税から差し引かれ、過払い分の税金が還付されます。
• 住民税からの控除: 寄付金額のうち、住民税の控除対象となる部分が、翌年度の住民税から差し引かれます。こちらは還付ではなく、毎月の住民税額が減額される形で控除されます。

自己負担額2,000円を除いた全額が、原則としてこれらの方法で控除されるため、ご自身の負担は実質2,000円で済むことになります。

ふるさと納税の確定申告に必要な「5つの書類」と準備リスト

ふるさと納税の確定申告をスムーズに進めるためには、事前の書類準備が非常に重要です。2025年分の確定申告（2024年に行った寄付）で必要となる主な書類は以下の5つです。

1. 確定申告書

確定申告書は、税務署に提出する最も重要な書類です。

• 入手方法:
  • 国税庁のウェブサイト「確定申告書等作成コーナー」で作成し、印刷する。
  • 税務署や市区町村役場の窓口で取得する。
  • 国税庁のウェブサイトからダウンロードして印刷する。
• 記入のポイント:
  • 会社員や公務員の方がふるさと納税の寄付金控除のみを申告する場合は「確定申告書A様式」を使用します。事業所得がある方などは「確定申告書B様式」を使用します。現在は様式統合が進み、一般的には「確定申告書」という名称で統一されつつあります。
  • 特に「寄付金控除」欄に正確に金額を記入する必要があります。

2. 寄附金受領証明書または「寄附金控除に関する証明書」

寄付金受領証明書は、各自治体から送られてくる、ふるさと納税を行った証明書です。確定申告の際に必須となりますので、大切に保管してください。

近年では、特定事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」も利用できるようになりました。
【2025年分の確定申告における最新情報】
ふるさと納税サイト（例：さとふるなど）によっては、そのサイトを通じて寄付した分をまとめた「寄附金控除に関する証明書」を発行しています。この証明書は、寄附金受領証明書を複数枚管理する手間を省き、e-Taxで申告する際にXMLデータとして取り込むことで、入力の手間を大幅に削減できます。

• 保管方法: 寄付を受けるたびに送られてくるため、紛失しないよう一か所にまとめて保管しましょう。
• 紛失時の対応: 紛失した場合は、寄付した自治体に再発行を依頼する必要があります。再発行には時間がかかる場合があるため、早めに連絡しましょう。

3. 源泉徴収票

会社から発行される源泉徴収票は、あなたの年間の収入や所得税の金額が記載された書類です。

• 確認事項: 確定申告書を作成する際、源泉徴収票に記載されている支払い金額や所得控除額などを転記する必要があります。通常、12月〜1月に勤務先から配布されます。
• 注意点: 原則として原本の提出は不要ですが、確定申告書作成の際には手元に用意しておきましょう。

4. マイナンバーカード（または通知カード＋本人確認書類）

本人確認とマイナンバー（個人番号）の確認のために必要です。

• 準備:
  • マイナンバーカード: 1枚で本人確認とマイナンバー確認ができます。e-Taxを利用する際にも必要となります。
  • 通知カード＋運転免許証など: マイナンバーカードがない場合は、通知カード（またはマイナンバーが記載された住民票の写し）と、運転免許証やパスポートなどの本人確認書類を併せて用意します。

5. 還付金受取用口座情報（本人名義）

所得税の還付金を受け取るための銀行口座情報が必要です。

• 確認: ご本人名義の預貯金口座の、金融機関名、支店名、口座種別、口座番号を正確に把握しておきましょう。

これらの書類を事前に準備しておくことで、確定申告の作業をスムーズかつ正確に進めることができます。

【2025年版】ふるさと納税の確定申告を「e-Tax」で行う全手順

ふるさと納税の確定申告は、国税庁が提供する「e-Tax（国税電子申告・納税システム）」を利用するのが最もおすすめです。自宅で手軽に、しかも正確に申告を完結できます。

e-Taxを利用するメリット

• 自宅で完結: 24時間いつでも、インターネットを通じて申告・納税が可能です。税務署に行く手間が省けます。
• 添付書類の省略: 医療費の領収書や寄附金受領証明書などの一部添付書類は、提示または提出を省略できます（ただし、5年間保管の義務あり）。
• 還付がスピーディー: 書面での申告に比べて、還付金が早く振り込まれる傾向があります。
• 入力サポート機能: 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」には、質問に答える形式で入力できるガイド機能があり、初心者でも安心して利用できます。

e-Taxでの申告に必要な事前準備

e-Taxで申告するためには、以下の準備が必要です。

1. マイナンバーカード: 必須です。ICカードリーダーライタを用いてパソコンで読み取るか、マイナンバーカード対応のスマートフォンで読み取ります。
2. ICカードリーダーライタ（PCの場合）または対応スマートフォン: マイナンバーカードを読み取るための機器です。
3. 利用者識別番号の取得: e-Taxのウェブサイトで、事前に利用者識別番号を取得しておきます。
4. 申告書等作成コーナーの確認: 国税庁のウェブサイトにある「確定申告書等作成コーナー」の推奨環境を確認し、必要なソフトをインストールしておきましょう。

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」での具体的な入力手順

ここでは、2025年分の確定申告（2024年分の所得）を想定した、e-Taxでのふるさと納税の入力手順をステップバイステップで解説します。

1. 「確定申告書等作成コーナー」へアクセス: 国税庁のウェブサイトから「確定申告書等作成コーナー」へアクセスし、「作成開始」をクリックします。
2. 作成方法の選択: 「e-Taxで提出」を選択し、マイナンバーカード方式またはID・パスワード方式（税務署で発行が必要）のいずれかを選択します。マイナンバーカード方式が推奨されます。
3. 利用規約の確認と署名: 利用規約を確認し、マイナンバーカードを読み取り、電子署名を行います。
4. 申告内容の選択: 「所得税」を選択し、給与所得者であれば「給与所得の確定申告書を作成する」などの項目を選びます。
5. 収入金額・所得金額の入力: 源泉徴収票を見ながら、給与所得の金額などを正確に入力します。
6. 寄付金控除欄への入力:
   • 「寄付金控除」の項目に進みます。
   • 「寄附金控除に関する証明書（XMLデータ）」を活用する場合: ふるさと納税サイトからダウンロードしたXMLデータを読み込むことで、寄付先の自治体名や寄付金額を自動で入力できます。これが最も簡単な方法です。
   • 寄附金受領証明書を一枚ずつ入力する場合: 各証明書を見ながら、寄付先の情報（名称、所在地など）と寄付金額を個別に入力していきます。複数ある場合は、全てを漏れなく入力してください。
7. その他の控除入力: 住宅ローン控除や医療費控除など、他の控除がある場合は、この段階で入力します。
8. 税額の計算・確認: 入力内容に基づいて税額が自動計算されます。還付金額が表示されるので確認しましょう。
9. 住民税等に関する事項の入力: 住民税に関する必要な項目を入力します。
10. 電子署名・送信: 最終確認後、再度マイナンバーカードで電子署名を行い、申告データを送信します。これでe-Taxによる確定申告は完了です。

郵送・窓口提出の場合の注意点と提出期間

e-Tax以外にも、印刷した申告書を郵送で提出するか、税務署の窓口に持参する方法があります。

• 提出期間: 原則として、翌年2月16日から3月15日までです。土日祝日と重なる場合は、翌開庁日が期限となります。還付申告の場合は、この期間に限らず1月1日から5年間提出が可能です。
• 郵送の場合: 提出期限に間に合うよう、余裕をもって送付しましょう。提出日を証明するため、特定記録郵便や簡易書留を利用するのがおすすめです。
• 窓口提出の場合: 申告期間中は窓口が大変混み合います。時間に余裕を持って出かけましょう。

確定申告で失敗しない！よくある間違いと注意点

ふるさと納税の確定申告は、いくつかのポイントを押さえておくことで、ミスなくスムーズに行うことができます。特に注意すべき点をまとめました。

ワンストップ特例申請済みの寄付も「全て」再申告が必要

これが最も間違いやすい点です。
もし、一部の自治体に対してワンストップ特例申請書を提出した後で、追加の寄付により「6自治体以上」になったり、他の控除（住宅ローン控除、医療費控除など）のために確定申告が必要になった場合、ワンストップ特例申請済みの寄付も含め、全てのふるさと納税を確定申告で再申告し直す必要があります。

ワンストップ特例申請は、確定申告をする時点で無効になります。確定申告書には、その年に寄付した全ての自治体と寄付金額を記載し直してください。一部だけを申告すると、控除額が不足したり、場合によっては二重控除となるリスクもあります。

申告期限（原則3月15日）と還付申告は5年間可能

• 原則的な申告期限: 確定申告の期限は、原則として翌年の2月16日から3月15日までです。この期間内に提出しなければ、寄付金控除は受けられません。
• 還付申告の場合: ふるさと納税による寄付金控除は、所得税の還付を伴う「還付申告」に該当します。還付申告は、対象となる年の翌年1月1日から5年間いつでも提出が可能です。例えば、2024年に行った寄付であれば、2025年1月1日から2029年12月31日まで申告できます。ただし、住民税からの控除は翌年度の税額に反映されるため、なるべく早い時期に申告を完了させることをおすすめします。

他の控除（住宅ローン控除、医療費控除など）との併用時の影響と注意点

ふるさと納税の寄付金控除は、住宅ローン控除や医療費控除など、他の所得控除や税額控除と併用が可能です。
ただし、これらの控除を併用する場合も、確定申告が必須となります。特に、初めて住宅ローン控除を申請する年は確定申告が必要ですので、ふるさと納税もまとめて申告しましょう。
複数の控除を適用する際は、控除額の計算順序など専門的な知識が必要になる場合もあります。不明な点があれば、税務署や税理士に相談することをおすすめします。

控除上限額を超過した場合の取り扱い

ふるさと納税には、年間の所得や家族構成に応じた「控除上限額」があります。この上限額を超えて寄付した場合、超過した部分は自己負担となり、税額控除の対象にはなりません。
確定申告をしても、控除上限額を超過した分は還付・控除されないため、寄付を行う前にご自身の控除上限額を把握しておくことが重要です。

寄付金受領証明書の紛失時の対応

万が一、寄付金受領証明書を紛失してしまった場合は、速やかに寄付先の自治体へ再発行を依頼してください。再発行には数週間かかる場合もありますので、確定申告の期限に間に合うよう、早めに対応しましょう。
また、近年提供が開始された「寄附金控除に関する証明書」を利用していた場合は、ふるさと納税サイトのマイページなどから再ダウンロードできることがあります。

ふるさと納税の確定申告をしないとどうなる？知っておくべきリスク

「確定申告は面倒だから、このままでいいか」と考えてしまう方もいるかもしれません。しかし、ふるさと納税で6自治体以上に寄付をしたにもかかわらず、確定申告を怠ると、大きな金銭的損失を被る可能性があります。

寄付金控除が受けられず、自己負担額が2,000円で済まなくなる

ふるさと納税は、原則として自己負担額2,000円を除いた全額が税金から控除される制度です。しかし、確定申告をしない場合、この寄付金控除が一切適用されません。

例えば、10万円をふるさと納税で寄付したとします。
* 確定申告をした場合: 自己負担額2,000円で、実質98,000円分の税金が安くなります。返礼品も受け取れるため、非常にお得です。
* 確定申告をしない場合: 寄付金控除が適用されないため、10万円全額が自己負担となります。返礼品は手元に残りますが、実質的には単なる寄付となり、ふるさと納税本来のメリットを享受できません。

所得税の還付や住民税の控除が適用されない金銭的損失

確定申告をしないということは、所得税の還付や住民税の控除といった税金の優遇措置が受けられないということです。これにより、本来であれば戻ってくるはずの税金や、安くなるはずだった住民税がそのまま徴収されてしまい、あなたの実質的な負担が増大します。

せっかく魅力的な返礼品を選び、地域の活性化に貢献しようとふるさと納税を行ったにもかかわらず、手続きを怠ったために金銭的なメリットを失ってしまうのは非常にもったいないことです。

確定申告を怠った場合の税務上の影響の可能性

ふるさと納税の確定申告は、主に所得税の還付を目的とした「還付申告」であるため、期限を過ぎたとしても通常は加算税などのペナルティは発生しません。ただし、これは純粋にふるさと納税のみで、他の所得申告漏れなどがない場合です。

もし、ふるさと納税以外の理由で本来確定申告が義務付けられているにもかかわらず、それを怠っていた場合には、無申告加算税や延滞税が課される可能性があります。

ふるさと納税のメリットを最大限に活かすためにも、必要な場合は必ず確定申告を行いましょう。

ふるさと納税の返礼品選びに迷ったら、豊富な品揃えと便利な機能で人気の「さとふる」がおすすめです。初めての方でも安心して利用でき、お得なキャンペーンも定期的に開催されています。

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まとめ：6自治体以上のふるさと納税も、正しい確定申告で最大限活用しよう

ふるさと納税で6自治体以上に寄付した場合、ワンストップ特例制度は利用できず、確定申告が必須となります。しかし、この記事で解説した手順に従えば、決して複雑な手続きではありません。

• ワンストップ特例制度の条件を再確認し、6自治体以上への寄付は確定申告が必要であることを理解する。
• 必要な5つの書類（確定申告書、寄附金受領証明書、源泉徴収票、マイナンバーカード、還付金受取用口座情報）を事前にしっかりと準備する。
• e-Taxを利用すれば、自宅で簡単に、かつスピーディーに申告を完了できる。
• ワンストップ特例申請済みでも、確定申告時は「全ての寄付」を再申告するなどの注意点を守る。

確定申告を怠ると、せっかくの寄付金控除が受けられず、大きな金銭的損失を被ってしまいます。ふるさと納税のメリットを最大限に活用するためにも、余裕を持って正確な申告を行いましょう。

もし手続きに関して不明な点や不安なことがあれば、管轄の税務署や税理士などの専門家への相談を検討してください。正しい知識と手順で、あなたのふるさと納税を賢く、そしてお得に楽しみましょう。